所谓"混元",即"混沌之末,元气之始",也就是道家认为宇宙尚未形成时的那种状态。混元殿位于圣经山老子道德经摩崖石刻东南侧,此殿是王重阳的弟子为纪念祖师而建,又名"祖师庙"。混元殿由主殿和两个侧殿组成,通体全为石材,古朴无华,任由岁月剥蚀。主殿为元神殿,殿顶有一混元球,阴刻"天地日月"四字。按道教八卦序排:天南、地北、日东、月西。右侧殿供奉着三官,天官赐福,地官赦罪,水官祛厄。左侧殿是三清殿。